O principal conflito sócio-econômico atual é um projeto de diminuiçãoda área do parque, a PLC 148/2010, que propõe a exclusão de 47.628,54 ha. Dentro dessa área de exclusão estão vales, áreas de interesse de mineradoras de diamante e quartzito. Além desse conflito, podemos citar outros 2 de grande relevância na gestão da UC, que são, o conflito com a sociedade do entorno, devido aos abusos ocorridos na desapropriação realizada na década de 70 e as queimadas "controladas" para preparo do solo para cultivo que fogem do controle dos proprietários e causam grandes incêndios. 

Além dos conflitos sociais, o parque enfrenta diversos problemas ambientais:

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• Antropização do ambiente;

• Reflorestamentos homogêneos;

• Culturas permanentes;

• Culturas temporárias;

• Estradas, acessos e aceiros;

• Áreas urbanas;

• Áreas rurais; 

• Áreas de endemismo fragilizadas; 

• Presença de espécies vegetais e animais exóticas (capim gordura, braquiária, javali, cachorros domésticos);

• Pesca esportiva (pouco, mas ainda existe);

• Captura de aves canoras;

• Pastagens e expansão da agricultura;

• Mineração (grave);

• Fragmentação de matas ribeirinhas;

• Voçorocas;

• Assoreamentos;

• Estradas mal conservadas, sem bacias de contenção, causando erosões e assoreamentos;

• Pisoteio excessivo de visitantes nos pontos de visitação.